El japonés de 32 años confirmó su ausencia a través de redes sociales.
El Grand Slam estadounidense arranca el 31 de agosto.
El tenista nipón se retiró por lesión cuando estaba dos sets abajo y le dejó el camino libre al serbio.
Es la cuarta ocasión en la que el tenista suizo pierde en su debut en el ATP Masters.
El suizo dejó en los cuartos de final del Masters 1000 de París al japonés Kei Nishikori.
El japonés y el sudafricano accedieron a la final del torneo austriaco, dejando en el camino a importantes rivales.
El tenista serbio se deshizo de Kei Nishikori en tres sets.