Junior de Barranquilla representó a Colombia en una Copa América 

En el torneo de selecciones de Brasil 1949 ocurrió un hecho inédito para el fútbol de nuestro país. Por petición de la Asociación Colombiana de fútbol - en ese momento mejor conocida como Adefútbol- el equipo colombiano se retiró del campeonato local para representar a nuestro país en la Copa América. 

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Teniendo en cuenta la base de jugadores y lo que podría entregar el equipo en este torneo internacional, Junior llegó a Brasil para jugar la competencia después de haber debutado en el año de 1945.

Al igual que en el torneo anterior, Eduardo de Castro y Roberto Meléndez eran los grandes referentes del equipo y allí nacería uno de los jugadores más recordados en la historia del fútbol en Colombia, el arquero Efrain el caimán Sánchez. 

En cuanto a los futbolístico, esta fue una de las participaciones más pobres del equipo con solo dos empates y cinco derrotas. A pesar de eso el portero Efrain el 'Caimán' Sánchez fue la gran figura después de disputar 4 de los 7 encuentros.

En el momento de regresar a Colombia, a Junior le cayó una sanción de dos años sin poder estar en competiciones locales y a su vez generó una disputa aún mayor entre Adefutbol y Dimayor por la decisión de haber estado en el torneo sudamericano.